- I comunisti e la Sicilia, Roma, Editori Riuniti, 1970.
- La mafia e lo Stato, Roma, Editori Riuniti, 1971.
- Agricoltura, Mercato comune e regioni, con Gerardo Chiaromonte e Pietro Ingrao, Roma, Editori Riuniti, 1973.
- Una nuova agricoltura. Per un nuovo sviluppo economico e sociale, con altri, Roma, Editori Riuniti, 1976.
- La Sicilia e lo Stato, Milano, Teti, 1979.
- Perché il Mezzogiorno viva, Roma, Editori Riuniti, 1981.
- Terra di tutti, Roma, Ediemme, 1988.
- Togliatti e i suoi eredi, Soveria Mannelli, Rubbettino, 1988. ISBN 88-7284-265-4.
- Giulio Andreotti tra Stato e mafia, Soveria Mannelli, Rubbettino, 1995. ISBN 88-7284-399-5.
- Da Cosa non nasce Cosa. Conversazione sull’unità della sinistra, con Paolo Franchi, Milano, Rizzoli, 1997. ISBN 88-17-85118-3.
- Mafia senza identità. Cosa Nostra negli anni di Caselli, Venezia, Marsilio Editori, 1999. ISBN 88-317-7008-X.
- 50 anni nel PCI, Soveria Mannelli, Rubbettino, 2003. ISBN 88-498-0703-1.
- Un corsivo al giorno. Gli affondi quotidiani di EM.MA, Roma, Edizioni riformiste, 2004.
- Al capolinea. Controstoria del Partito Democratico, Milano, Feltrinelli, 2007. ISBN 88-07-71029-3.
- Parola di leader. Conversazioni sul discorso carismatico, con altri a cura di Alessandro Vittorio Sorani, Firenze, Pagliai, 2008. ISBN 978-88-564-0043-4
- Leonardo Sciascia e i comunisti, Milano, Feltrinelli, 2010. ISBN 978-88-07-42127-3.
- Politicamente s/corretto, con Peppino Caldarola, Roma, Dino Audino, 2012. ISBN 978-88-7527-226-5.
- Comunisti e riformisti. Togliatti e la via italiana al socialismo, Milano, Feltrinelli, 2013. ISBN 978-88-07-17269-4.
- La mafia e lo Stato. L’organizzazione criminale dalla prima alla seconda Repubblica, Cava d’Aliga, Edizioni di storia e studi sociali, 2013. ISBN 978-88-908548-5-9.
- I Santuari. Mafia, massoneria e servizi segreti. La Triade che ha condizionato l’Italia, Roma, Castelvecchi, 2014. ISBN 978-88-6826-479-6.
- Comunisti a modo nostro. Storia di un partito lungo un secolo, con Claudio Petruccioli, Venezia, Marsilio, 2021. ISBN 978-88-297-0903-8 [vai al video della premiazione “Premio Capalbio Piazza Magenta 2021”]